Afin d'assurer une compatibilité optimale entre les applications / jeux et le système d'exploitation de la GameCube, les outils de développement d'applications sont identiques à ceux qui ont été utilisés pour développer le système d'exploitation. Ainsi Metrowerks à proposé l'outil suivant :
- CodeWarrior for Nintendo GameCube.

Cet outil qui est l'outil official de développement pour la GameCube fonctionne sur Windows NT et requiert l'installation du système d'exploitation de la GameCube. Ce système d'exploitation s'installe sur Windows.

On retrouve dans le kit de développement les outils suivant :
- compilateurs, éditeurs de liens et assembleurs : on retrouve notamment la documentation pour les instructions Gekko, des compilateurs C/C++, des librairies optimisées pour PowerPC ;
- debuggeur : document sur l'utilisation des threads, outils intégrant le système d'exploitation de la GameCube, MetroTRK qui est une interface de debuggage puissante et rapide ;
- gestionnaire de projet : on retrouve un IDE (Integrated Development Environment), une interface graphique simple d'utilisation, une architecture multi-threadée ;
- etc... : d'autres outils offrant un confort de programmation aux développeurs.

Tout comme la Playstation 2, Metrowerks propose des outils d'analyse (CodeWarrior Analysis Tools for Nintendo GameCube) permettant de mesurer les performances des applications et jeux développés.