La séquence génétique de ce coronavirus est similaire à 80% à celle du coronavirus du SRAS. Il est d'abord désigné provisoirement par l'OMS et les CDC sous le terme anglais 2019 novel coronavirus, ou 2019-nCoV, avant d'être nommé SARS-CoV-2 sur recommandation de l'ICTV. Il appartient au sous-genre Sarbecovirus. Son génome, stable et constitué d'un ARN simple-brin à polarité positive de 29 903 nucléotides, a été séquencé pour la première fois le 5 janvier 2020 par une équipe de l'Université Fudan de Shanghai